188万种抗原数据库IEDB拆解: 验证方法篇

免疫靶点选择的难点,这个收集了188万种抗原的数据库可以解决了》一文中详细介绍了IEDB数据的基本框架。作为实践者,实验验证才是对查询成果举一反三的重要环节。因此,本文在此详细列举出验证的方法:

IEDB的实验方法验证类型

为了进一步判断各种实验的使用频率,每种方法的应用文章数量经过统计如下:

检测对象实验类型文献数量
T细胞实验结晶189
T细胞实验生物活性实验10023
T细胞实验结合实验(抗原与T细胞结合)2894 (其中pMHC多聚体-四聚体流式实验2773篇)
MHC-多肽实验结晶607
MHC-多肽实验MHC-配体洗脱实验674
MHC-多肽实验MHC-配体结合实验2410

以上实验中,与细胞、临床标本有关的实验主要是“T细胞实验”-“生物活性实验”、“T细胞实验”-“结合实验”,其余实验均以单个蛋白样本为主。