抗原发现测序

众所周知,肿瘤、自身免疫、感染等相关抗原的类型庞大,而体内呈递抗原的MHC分子也呈现高度的遗传异质性,虽然抗原呈递给MHC分子不是随意匹配,但配对关系形成的pMHC复合物也会有百万数量级。T细胞为了识别每种pMHC分子,通过DNA重排和RNA剪切,形成百万级T细胞受体(TCR)。在研究目标疾病时,为了筛选到真正能够和主克隆TCR结合的抗原,就是抗原发现。

那么,如何从百万级的pMHC分子中选择目标抗原呢?目前主要是通过间接方法选择,即通过外显子测序+HLA检测锁定pMHC,而后体外大量合成pMHC四聚体,捕获T细胞后通过一个个地进行单细胞TCR测序,才能确定结合T细胞的主要抗原以及对应的TCR主克隆序列。然而,上述过程周期较长,成本较高。那么,是否可以低成本地扫描近百种pMHC四聚体,一次性获得与T细胞结合的抗原类型呢?抗原发现测序,使用DNA编码的pMHC库多聚体,与T细胞孵育并流式分选后进行测序,就可以达到上述目的。

抗原发现测序的过程

第一步,合成DNA编码的pMHC库多聚体:其中pMHC库有两种版本,一种是疾病目录版:包括肺癌、结肠癌、胃癌、乳腺癌、弥漫大B细胞淋巴瘤的常见突变肽与中国人常见MHC-1组合库;另一种是定制版:根据用户外显子测序和HLA-1结构,我们提供生物信息鉴定后,定制的pMHC库。

第二步, 所有pMHC库均使用唯一DNA编码标记,每一种编码代表一种pMHC类型。DNA编码的pMHC库与多聚体的右旋糖苷结合后,形成高亲和力DNA编码的pMHC库多聚体。

第三步,流式分选:目标样本形成细胞悬液后,使用anti-CD8和DNA编码的pMHC库多聚体共同对细胞悬液染色,分选CD8和DNA编码的pMHC库多聚体阳性细胞。

第四步, 测序:对分选后的细胞直接建库测序,其中DNA编码部分测序可以获得结合目标pMHC的CD8细胞数量,从而可以评价CD8细胞结合的主要pMHC类型。

抗原发现测序的结果意义

1,发现的T细胞抗原谱系,清楚地识别出抗原和T细胞的对应关系。

2,识别肿瘤反应性T细胞,且可以识别发现极少量的肿瘤反应性T细胞,以及主流的肿瘤免疫反应T细胞的TCR结构,为TCR-T细胞治疗创建基因修饰基础。

抗原发现测序的标本要求

1、用户自主进行流式分选:用户购买DNA编码的pMHC库多聚体后,进行自主流式分选后,细胞-80度运输至我方测序实验室完成建库测序;

2、我方进行流式分选:用户通过细胞保存液寄送到我方后,我方完成整个检测过程。

参考文献

1. Generation of peptide–MHC class I complexes through UV-mediated ligand exchange. Nature Protocols 2006

2. Large-scale detection of antigen-specific T cells using peptide-MHC-I multimers labeled with DNA barcodes. Nature Biotechnology 2016

3. SARS-CoV-2 genome-wide T cell epitope mapping reveals immunodominance and substantial CD8+ T cell activation in COVID-19 patients. Science Immunology 2021

相关产品

相关解决方案

相关案例