什么样的目标抗原能激活细胞毒T细胞?

从获得性免疫角度看,无论是肿瘤免疫还是病毒免疫,找到激活细胞免疫的目标抗原是关键。各种基因组、蛋白组、转录组、宏基因组数据提供了丰厚的信息,然而真正的抗原信息隐含在其中。当我们懂得了什么样的目标抗原信息能激活细胞免疫,我们就能掌握从庞大的组学信息中发现靶标的技能。从实施环节上看,我们从细胞免疫变化的依赖要素入手来挖掘靶标,其机制过程是:目标抗原呈递给MHC-I后,pMHC-I复合物与CD8+ TCR结合,从而影响T细胞活性和增殖。所以预测抗原肽与MHC的结合能力是预测T细胞免疫反应的主要切入点。也就是说,找到那种能够真实、稳定、结合于患者MHC-I的抗原肽,就找到了激活细胞毒T细胞杀伤的候选抗原。

目标特征

由于抗原肽分子、MHC-I分子类型非常庞大(考虑到MHC-1的大量等位基因),因此寻找这样的结合复合物就不能一个个地通过实验来实施,而是通过机器学习方法,从数据中学习预测规则,才是寻找pMHC稳定复合物的主要方法。通过基于分子互作和pMHC蛋白复合物测序数据获得的机器学习方法,最终获得具有激活细胞免疫的候选pMHC服务的主要特征是:

强结合稳定(SB)的pMHC-I 特征

  1. 经过pMHC复合物蛋白质测序(EL)后判断,多肽与MHC亲和力评分较高,在所有肽+MHC亲和力评分的前0.5%位;
  2. 经过分子互作(luminescent oxygen channeling immunoassay technology,LOCI技术)判断的分子互作距离,多肽和MHC的对接距离较近,在所有肽+MHC距离评分的前0.5%位;

弱结合稳定(WB)的pMHC-I特征:

  1. 经过pMHC复合物蛋白质测序后判断,多肽与MHC亲和力评分较高,在所有肽+MHC亲和力评分的前2%位;
  2. 经过结构生物学的分子对接距离判断,多肽和MHC的对接距离较近,在所有肽+MHC距离评分的前2%位;

具体结果如同所示:

NetMHCpan-4.1分析得到的抗原肽MHC亲和力,最后一列BindLevel中的SB代表紧密结合,WB代表弱结合,未标识代表不结合。
NetMHCpan-4.1分析得到的抗原肽MHC亲和力,最后一列BindLevel中的SB代表紧密结合,WB代表弱结合,未标识代表不结合。

针对外显子测序数据、HLA测序、病毒测序数据、pMHC-I复合物蛋白测序数据,我们可以提供预测筛选服务,并为您提供如下服务:

1、合成结合MHC的多肽;

2、合成捕获细胞毒T细胞的抗原肽MHC荧光多聚体;

3、合成内源性表达的多肽串联载体。

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