通过抗原发现检测与单细胞检测联合应用，发现肝癌存在无进展生存相关的T细胞亚型，该亚型是HBV抗原特异性的非终末期耗竭性肿瘤残留记忆T细胞。此研究成果发表于2021年8月10日 Immunity(影响因子31.75)，文章题目是“Non-terminally exhausted tumor-resident memory HBV-specific T cell responses correlate with relapse-free survival in hepatocellular carcinoma”。
该研究检测的临床标本来自46名肝癌患者、7名健康人肝脏(来自肝移植)，分别采集患者的外周血、癌旁肝组织、癌组织。其中30位患者慢性感染HBV。
该成果创新性在于：
- 全面检测了突变抗原、肿瘤相关抗原、病毒抗原(免疫激活的旁观者效应抗原)、HBV抗原等4种抗原特异性CD8+ T细胞，这四种抗原全面覆盖了影响肝癌免疫微环境的所有抗原类型；
- 从4群抗原特异性T细胞中， 发现了HBV抗原特异性残留记忆性CD8+ T细胞(Trm)与无进展生存预后高度相关。
- HBV抗原特异性残留记忆性CD8+ T细胞(Trm)存在克隆性扩展现象，在不同HBV感染的组织标本中，该克隆存在高度一致性。
本研究创新的价值在于：
为未来肿瘤免疫治疗提供很多思路，比如，在缺乏终末期耗竭性T细胞的情况下，可以使用IL2和抗原肽激活HBV抗原特异性残留记忆性CD8+ T细胞(Trm)，从而重现激活肝内HBV特异性Trm，成为防止肝癌切除术后的肿瘤复发的免疫治疗策略。
关键测试环节包括：
- 四大类抗原的表位预测和多肽预测，对应抗原多肽片段须与患者对应的HLA形成稳定复合物。四大类抗原对应的抗原肽MHC复合物共1169种，涉及HLA类型包括(HLA-A∗11:01、A∗02:01、A∗24:02)，其中： 第一类：肿瘤新抗原pMHC复合物共322个 第二类：肿瘤相关抗原MHC复合物499个 第三类：HBV抗原MHC复合物共345个 第四类：通用病毒抗原MHC复合物(免疫激活的旁观者效应抗原)共120个
- 对上述1169种pMHC四聚体库进行标本检测，筛选肝癌预后相关的抗原群；
- RNA测序，判断患者的抗原肽表达量；
- 质谱流式分析，分析每种抗原对应的T细胞类型和数量，从而判断出HBV抗原相关的残留记忆性CD8+ T细胞(Trm)与患者预后有关；
- 流式分选，使用pMHC荧光四聚体分选HBV抗原相关的残留记忆性CD8+ T细胞(Trm)，供下一步单细胞测序；
- SMART-seq单细胞测序，使用单细胞测序检测HBV抗原相关的残留记忆性CD8+ T细胞(Trm)，并使用TCR重构算法判断TCR克隆型，从而判断抗原特异性T细胞的克隆类型。
针对上述主要测试环节，我们提供：
- pMHC四聚体；
- 抗原发现测序，利用pMHC四聚体库，批量筛选1200种抗原肽MHC复合物，涵盖肿瘤突变抗原、肿瘤相关抗原、HBV、其他病毒抗原等类型；
- 单细胞TCR+多因子测序，发现细胞因子、细胞类型和TCR克隆状态。